細菌檢測的方法有很多種，具體采取何種檢查方式，要根據不同的疾病情況選擇，主要包括涂片檢測、細菌培養、血清學檢測、細菌核酸檢測以及二代測序等檢測方法：

1、涂片檢測：一般可以用血標本、痰、尿液、糞便、腦脊液、胸水、腹水以及局部皮膚分泌物或膿腫的膿液進行涂片染色，然后在顯微鏡下觀察細菌的形態，有些細菌形態較特殊，可以通過涂片的方法進行早期診斷，對臨床指導抗菌藥物有一定的幫助；

2、細菌培養：細菌培養是診斷細菌感染*可靠的檢測手段，一般把細菌放在體外適宜的生長環境中，讓其快速生長，通過檢測感染源頭進行治療。細菌培養的缺點是不能幫助早期診斷，因為細菌生長需要一定的時間，生長較快的細菌一般需要2-3天，有些細菌生長比較慢，可能需要1周甚至更長時間；

3、血清學檢測：血清學檢查是將血液中的血清分離出來，通過檢測相應細菌的抗體輔助診斷，比如傷寒桿菌的感染，可以通過檢測傷寒桿菌的O抗體和H抗體，輔助診斷是否有傷寒桿菌的感染。血清學抗體會出現假陽性和假陰性，所以相對細菌培養，血清學抗體的檢測手段不是非常可靠；

4、細菌核酸檢測：常用的細菌核酸檢測主要是聚合酶鏈反應，通常叫PCR檢測，一般會采取細菌比較特殊的序列，通過序列檢測診斷是否是細菌感染，PCR可以檢測出微小的細菌核酸，具有很高的敏感性；

5、二代測序方法：即NGS的方法，通過對宏基因組的二代測序，可以檢測出細菌的感染。但是，人體本身正常組織當中可能攜帶一些細菌，比如皮膚、呼吸道、泌尿系統、陰道等，這些部位本身有正常細菌的寄生，如果這些部位的標本去測序，可能出現細菌的污染。所以二代測序的方法通常對無菌的體液檢測更可靠，比如胸水、腹水以及血的檢測，檢測后還要結合患者的臨床表現分析是哪一類細菌感染，以及檢測出的細菌是否是致病菌。

細菌污染食品后，如果環境條件適宜，就能分解食物中的營養物質如蛋白質、糖、脂肪、維生素、無機鹽等進行自身繁殖，從而導致食品營養價值和品質下降, 嚴重時造成食品腐敗變質，呈現出一定程度的使人難以接受的感官性狀，如刺激 性氣味、異常顏色、組織腐爛、產生黏液等。此外，有些細菌污染食品后會產生 毒素，如肉毒毒素、金黃色葡萄球菌腸毒素等，如果不慎食用，會造成人體中毒， 嚴重危害人體健康，甚至危及生命。因此需要對食品的細菌進行檢查，保證人們的食用安全。